В миру — Василий, родился в 1873 г. в семье священника. Родители воспитывали сына в благочестии и христианских добродетелях. Полюбив чтение житий святых, отрок восхищался их духовными подвигами, жалея о том, что в современном ему мире он лишен возможности пострадать за веру православную.
После окончания Петрозаводской Духовной семинарии юноша поступил в Санкт-Петер6ургскую Духовную Академию. В 1895 г. он принял монашеский стриг с именем Вениамин и был рукоположен во иеродиакона, а в следующем году — во иеромонаха. По окончании Академии в 1897 г. со степенью кандидата богословия иеромонах Вениамин был назначен преподавателем Священного Писания в Рижскую Духовную семинарию. С 1898 г. он — инспектор Холмской, спустя год — Санкт-Петербургской семинарии.
Священник по призванию, архимандрит Вениамин вскоре был возведен в более высокую степень пастырского служения: 24 января 1910 г. в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры он был рукоположен во епископа Гдовского, Петербургского викария.
Святительский сан владыка Вениамин воспринял как обязанность пастырского подвига и апостольской проповеди. Его часто видели в самых отдаленных и бедных кварталах столицы, куда он спешил по первому зову, словно приходской священник. Воздействие его наставлений было так велико, что многие заблудшие раскаялись в греховной жизни. Он всегда находил путь к сердцам простых людей, за что был искренне любим паствой, называвшей его «наш батюшка Вениамин». Евангельская простота святителя, отзывчивость, сердечность, доступность располагали к нему даже иноверцев.
События 1917 г. вызвали перемены и в жизни Церкви. С 6 марта святитель Вениамин — архиепископ Петроградский и Ладожский, а 13 августа, накануне открытия Священного Собора Российской Церкви, назначен митрополитом Петроградским и Гдовским. Митрополит Вениамин все силы направил на защиту православного народа России от жесточайших гонений, воздвигнутых на него врагами истины Христовой. По сути, они начались в январе 1918 г. после издания декрета «Об отделении Церкви от государства и школы от Церкви», который на деле воспринимался властью на местах как сигнал к повсеместному уничтожению главным образом Русской Православной Церкви и ее служителей, к грабежу церковного имущества. По всей стране прокатилась волна закрытия и разрушения храмов и монастырей, осквернения и уничтожения святых икон и мощей, массовых арестов, пыток, ссылок и казней епископов, священников, монахов и монахинь, мирян, лишения Церкви и ее служителей материальных средств к существованию.
Насилие над Церковью не прекратилось и после окончания гражданской войны. Небывалая разруха и голод, охватившие страну в 1921 г., послужили поводом для новых гонений на Церковь, которые проводились под лозунгом «похода пролетариата на церковные ценности». Их изъятие в Петрограде началось в марте 1922 г.
Изъятие ценностей сопровождалось волнениями народа, но серьезных беспорядков, острых столкновений и арестов пока еще не было. Чувствовалось приближение расправы. Ее ускорило опубликованное 24 марта 1922 г. в «Петроградской правде» письмо двенадцати лиц — организаторов обновленческого раскола. Они обвиняли все верное Святейшему Патриарху Тихону духовенство в сопротивлении изъятию церковных ценностей и в участии в контрреволюционном заговоре против советской власти. 29 мая 1922 г. последовал арест митрополита Вениамина, а 10 июня того же года началось слушание дела, к которому было привлечено еще 86 человек.
5 июля 1922 г. трибунал объявил приговор, а в ночь с 12 на 13 августа того же года митрополит Вениамин и вместе с ним архимандрит Сергий (Шеин), миряне Юрий Новицкий и Иван Ковшаров были расстреляны на окраине Петрограда.
На братском кладбище Александро-Невской лавры воздвигнут крест над символической могилой новомучеников Российских.
