Совет Народных Комиссаров Российской Республики 20 января (по старому стилю) 1918 года принял декрет об отделении Церкви от государства и школы от Церкви. Декрет вступил в силу 23 января (5 февраля) того же года, в день официальной публикации. Согласно декрету Церковь лишалась прав юридического лица и всего имущества.
Уже проект декрета был подвергнут критике православным духовенством
После появления в печати проекта декрета митрополит Петроградский Вениамин (Казанский) обратился в Совнарком с письмом, в котором говорилось:
«Осуществление этого проекта угрожает большим горем и страданиями православному русскому народу... Считаю своим нравственным долгом сказать людям, стоящим в настоящее время у власти, предупредить их, чтобы они не приводили в исполнение предполагаемого проекта декрета об отобрании церковного достояния».
Отреагировал на декрет и Поместный собор, на своём заседании от 25 января собор составил постановление, в котором говорилось:
«1. Изданный Советом Народных Комиссаров декрет об отделении Церкви от государства представляет собой, под видом закона о свободе совести, злостное покушение на весь строй жизни Православной Церкви и акт открытого против неё гонения.
2. Всякое участие как в издании сего враждебного Церкви узаконения, так и в попытках провести его в жизнь несовместимо с принадлежностью к Православной Церкви и навлекает на виновных кары вплоть до отлучения от Церкви (в последование 73 правилу святых апостол и 13 правилу VII Вселенского Собора)».
Подобная деятельность Поместного собора значительно повлияла на обострение взаимоотношений Церкви и государства. Именно этот период отмечен значительным накалом непонимания в действиях двух сторон. Узнав о воззвании, В.И. Ленин дал поручение В.Д. Бонч-Бруевичу, возглавлявшему комитет по борьбе с погромами:
«Сообщите ему (Тихону), что Советская власть не собирается надевать на его голову венец мученичества, но все те, кто буду распространять его произведения, будут арестовываться и предаваться суду…»
В официальной прессе также появилось множество материалов направленных на дискредитацию священноначалия Русской Православной Церкви. Так, откровенное непонимание и нелояльность властей поставили Православную Церковь в тяжёлые правовые условия, ибо правительство смотрело на неё как на очаг контрреволюции.
Одновременно нарастало недовольство самой Церкви религиозной политикой новых властей не только в центре, но и в провинциях.
В Самаре 30 января объявили трехдневный покаянный пост в ответ на издание декрета об отделении Церкви от государства. Религиозный подъем охватил и часть интеллигенции, страшные события заставляли и их каяться и возвращаться к вере отцов. В Москве, Самаре, Чите создавались союзы ревнителей православия, оживилась деятельность старых братств и создавались новые. В Харькове, при Покровском архиерейском монастыре, открывается братство святителя Мелетия; в Киеве еще в декабре 1917 г. было основано братство Воскресения Христова. Во главе братства стоял псаломщик Василий Николаевич Попов. В Петрограде члены братства защиты Александро-Невской лавры во главе с председателем епископом Прокопием перед ракой с мощами благоверного князя Александра дали обет защищать обитель до последнего вздоха. До 57 тысяч питерских прихожан вступили в союзы защиты православных храмов.
В Москве под председательством бывшего обер-прокурора Синода А.Д. Самарина организовали «Союз объединенных приходов Православной Церкви». 25 февраля на собрании представителей московских приходов было решено требовать сохранения преподавания Закона Божия в школах, а законоучителям преподавать его до тех пор, пока не выгонят оттуда штыками, затем продолжить обучение в храмах и по домам. Рассматривался также вопрос об охране Патриарха. Постановили, что по 18–20 человек из духовенства и мирян будут неотлучно дежурить на Троицком подворье, где пребывал Святейший.
15 марта депутация Собора во главе с А. Д. Самариным вручила в Кремле наркому юстиции Курскому декларацию Собора по поводу декрета об отделении Церкви от государства, в которой говорилось, что «религиозное успокоение ста миллионов православного русского населения, без сомнения, необходимое для государственного блага, может быть достигнуто не иначе, как отменой всех распоряжений, посягающих на жизнь и свободу народной веры». Представитель Совнаркома Елизаров признал, что в декрете есть неточные и ошибочные формулировки, которые можно исправить или устранить. Бонч-Бруевич обещал, что зарегистрированные церковные общины получат право владеть имуществом.
На самом деле началась волна страшных гонений на Русскую Церковь.
